Как известно, в здании, где сейчас находится музей истории города Ярославля, первоначально - купеческом особняке, в советское время располагались медицинские учреждения: Дом матери и ребенка (1928 г.), детская больница имени 8 марта (с 1928 г. по 1947 г.), глазное и хирургическое отделения клинической больницы № 1 (с 1947 г. по 1985 г.).

Сотрудники музея решили сохранить эту «страницу» истории бывшего дома купца В. Я. Кузнецова и создали в 2002 г. достаточно редкую по своему «профилю» экспозицию, посвященную становлению и развитию медицинских знаний и лечебных учреждений в Ярославле. Наряду с основной «исторической» экспозицией она является постоянно работающей, и гости музея круглый год могут увидеть на ней старинный и современный медицинский инструментарий и оборудование, многочисленные книги, документы, фотографии, связанные с историей ярославской медицины.

Но, конечно, строительству экспозиции предшествовал период активной научно-исследовательской деятельности, связанный с необходимостью укомплектовать музейные фонды ценными историческими материалами. Для создания этой уникальной музейной коллекции сотрудниками был собран обширный документальный и фотоархив, который включает в себя сведения об известных ярославских врачах, таких как А. С. Полетаев, И.Н. Кацауров, А.А. Голосов, хирург Е. А. Кройчик, а также многочисленных медицинских учреждениях: больницах, аптеках, исследовательских и диагностических центрах. Многие из этих учреждений предоставили и сохранившееся в их стенах историческое оборудование и инвентарь. Для экспозиции были специально изготовлены влажные макропрепараты, демонстрирующие желчнокаменную болезнь, туберкулез, кровоизлияние в правое полушарие головного мозга, легкое курильщика, ожирение сердца и цирроз печени при хроническом алкоголизме. Музею удалось приобрести и личные вещи и инструменты знаменитых в городе докторов.

В результате в трех залах экспозиции «Из истории ярославской медицины» поместились такие интересные комплексы, как «изба знахаря», лечившего своих пациентов травами и заговорами, «аптека XIX века», где можно было купить не только склянки и флаконы с мазями и порошками, но и бензин для первых автомобилей, принадлежности для фотолюбителей и даже дамские духи. Особенный интерес у посетителей вызывает бормашина конца XIX в. и старинный стоматологический инвентарь. Также на экспозиции можно увидеть «рабочий кабинет советского врача» и «операционную 1960-1970-х гг.», познакомиться с известными городскими врачебными династиями врачей и изобретениями, созданными талантливыми ярославскими докторами в XX веке.